内藤新宿を中心とし盤石を誇る新宿五者協定。そんな折、関西難波会松波組が関東進出を目論み五者協定に風穴を空けるのだった。内藤新宿は松波組に日和った木場一家を許すはずもなく一家の舎弟頭補佐である土岐零時が壊滅的な制裁を加える。しかし松波組も報復とばかりに鷲尾軍司率いる内藤新宿一家に対して牙を剥き襲い掛かってくるのだった。虚を突かれ、組織の王と幹部を失ってしまう内藤新宿一家は、舎弟頭である金丸友記が代行を務める非常事態に―。また、組織の統制もとれない軍司の葬儀の最中に、崩壊した木場一家の残党ら水戸が最後の足掻きとばかりに、軍司の実子である大河を誘拐するのだった。自らの身も心も一家に捧げ、その伝統と継承に誰よりも忠誠心を抱く零時は、一家に渦巻く不穏当な思惑を嗅ぎ分け、大河の救出へと向かうのだった。 他方、代行総長となった金丸は軍司に忠誠を尽くしつつも、過去のある出来事が心に引っ掛かっていたのだった。一家三百年の歴史の大転換期ともいうべきこの期をその機と捉えた金丸は、歴史の継承に隠された真実を知る唯一人でもあった。そして金丸は様々な思惑が交錯する中、ある男を呼び寄せるのだった。

桜子(芦田愛菜)と心を通わせ、自分の居場所は伴家だと確認することができたアリス(シャーロット・ケイト・フォックス)は、幸せな気分に包まれながら買い物をしていた。 その頃、伴家では雷に打たれたような衝撃が起きていた。ぼうぜんとする一家の前にいたのは、亡くなった蓉子(渡辺舞)とうり二つの葵(渡辺舞/二役)だった。葵は、蓉子のいとこだというが、あまりにそっくりな容姿に、新太郎(寺田心)や桃子(松田芹香)はママだと錯覚してしまう。アリス以外の家族にあいさつを済ませた葵は、なぜか涙ぐみながら、自分が子供たちのママになると宣言。全員が凍り付く中、アリスが帰ってきた。蓉子にそっくりな葵の容姿と、「今日から自分が子供たちのママになる」という葵の言葉に、アリスはショックのあまり、持っていた荷物を落としてしまう。桜子は、アリスに同情しながらも、葵を見るうち蓉子を思い出して涙ぐみ…。　伴家に突然やってきたママそっくりの、最強“新ママ候補"。ラスボスの登場に、アリスはどう挑むのか?そして桜子は!?ふたりの絆が試される時が来た!!

鼠小僧（滝沢秀明）が人殺し事件に巻き込まれる。鼠小僧が逃げ込んだ長屋で、大工の六平（松尾論）の女房・おさと（森南波）が殺された。そんな中、残された一人息子・平太（酒井亮和）の元へ、長倉藩の奥女中・みつ（MEGUMI）がやって来る。平太は長倉藩の若君だったのだ。鼠小僧が長倉藩に忍び込むと家老の大月（橋本じゅん）は、我が子を跡取りにし、お家を乗っ取ろうとしていた。長倉藩の世継ぎ騒動に鼠が動く。

日本最大のやくざ組織傘下の組長が惨殺されたことをきっかけに、その真相を探ることになった若頭（小沢）と組織を脱退した元若頭補佐（哀川）と対立。さらに、マフィア、政治家、警察をも巻き込んだ抗争へと発展していく。